Software a disposzione

Il codice per le vostre computazioni

Questa sezione introduce le modalità di gestione e utilizzo del software scientifico all'interno del nostro cluster HPC. Per garantire flessibilità e copertura di ogni tipo di esigenza, l'ambiente software è strutturato offrendo tre opzioni di utilizzo (senza contare il software installato puramente nel sistema operativo).

Il concetto chiave: La gestione dinamica dell'ambiente (Moduli)

Nei moderni cluster HPC, non installiamo i programmi direttamente nel sistema operativo come faresti sul tuo PC.

Versioni diverse dello stesso software richiedono spesso librerie diverse che andrebbero in conflitto tra loro.

Per risolvere questo problema, utilizziamo un sistema di Modules Environment.

I moduli permettono di modificare dinamicamente le variabili d'ambiente della tua sessione permettendoti di "attivare" o "disattivare" un software solo quando serve.

Di seguito analizziamo le tre opzioni a tua disposizione per accedere ai software.

Opzione 1: Spack https://spack.io/

I moduli di sistema predefiniti sono compilati direttamente sul nostro hardware utilizzando Spack, un gestore di pacchetti specifico per il supercalcolo.

Come si usa?

L'interazione avviene tramite il comando module.

I moduli possono essere caricati nella sessione corrente per sviluppare codice o fare test, ma nel momento del lancio della simulazione vanno caricati esplicitamente all'interno del submit script.

  1. Vedere il software disponibile:

    module avail

  2. Caricare un software (es. OpenMPI):

    module load openmpi

Opzione 2: EESSI https://www.eessi.io/docs/available_software/

EESSI (European Environment for Scientific Software Installations) è un'iniziativa europea che mette a disposizione una vastissima libreria di software scientifico già pronto.

È la scelta ideale se hai bisogno di versioni software molto recenti o specifici che non sono presenti nei moduli di sistema.

Come si usa?

Per accedere all'ecosistema EESSI, devi prima "inizializzare" il suo ambiente, in modo da aggiungere lo stack EESSI ai moduli disponibili nella tua sessione.

  1. Attivazione dell'ambiente EESSI (per la versione 2025.06):

    source /cvmfs/software.eessi.io/versions/2025.06/init/bash

  2. Cercare e caricare software in EESSI: Dopo aver fatto il source, i comandi tornano ad essere quelli standard:

    module avail
    module load GROMACS/2023.2-foss-2023a

Opzione 3: Installazioni nella Home Utente

Se un software o una libreria specifica non sono presenti né nei moduli di sistema né in EESSI, hai la possibilità di installarli autonomamente nella tua cartella personale (/hpc/home/username).

Non possiamo garantire assistenza o effettuare troubleshooting su software compilato o installato privatamente nelle home directory degli utenti.

Se desideri supporto, scrivi alla mail support.hpc@unife.it